蓝藻因独有的藻蓝蛋白而大多呈现蓝绿色，经常在水体中发现黄色的蓝藻水华，有蓝藻水华黄化的现象也有因藻型、温度、光照、特殊元素含量不同呈现黄色水华。

太湖的黄色蓝藻水华是一种非常常见的水华现象

藻类细胞所呈现的颜色，是其所含光合色素的综合表现，与其细胞所含光合色素的组成和含量直接相关。藻类光合色素是指在光合作用过程中捕获光能，并将光能转化为化学能的一类化学物质。根据其分子结构可以分成叶绿素(Chlorophylls)、类胡萝卜素(Carotenoids)和藻胆蛋白三大类(Phycobiliprotein)。蓝藻细胞内色素主要包括叶绿素、藻蓝素和藻红素，故较少吸收蓝绿光，因而主要呈现蓝绿色。为此，蓝藻也常被称为蓝绿藻(blue green algae)，蓝藻水华也以蓝绿色的水色为主。以微囊藻为优势种的太湖蓝藻水华从7月的蓝绿色变为黄色。太湖冬春季常见物种长孢藻 Dolichospermum，优势度大于99.9%，因而出现较大面积的黄色蓝藻水华。叶绿素a最低值也超过了100 μg/L，均值更是高达369 μg/L，可见水体中的生物量较大。同时，由于水体中较大的生物量，藻源性的N和P贡献也较大，总氮和总磷的均值分别高达3.87和0.15 mg/L。水体温度均值为14.6℃，藻类已经逐步开始繁殖，生物量达到一定程度后，加之适宜的气象条件，极易形成蓝藻水华。

光照强度能够显著影响蓝藻细胞的色素合成。当光照较强时，比如在夏季强烈的阳光下，尤其是阴雨天放晴后，蓝藻暴露于较强的光合有效辐射很可能导致水分分解速度过快，并产生过多的活性氧，因此会通过合成光保护色素类胡萝卜素以防止氧化损伤光系统。类胡萝素在色素组成中比例上升，导致蓝藻在感官上呈现偏黄的状态。当光照较弱时，缺乏阳光或营养可能会影响蓝藻生长甚至衰亡，孟泽婧等的模拟实验推断，在自然条件下绿色的新鲜蓝藻会逐步降解为黄绿色、浅黄色和白色，其中在衰亡3天后会释放大量的藻蓝色素，这也解释了蓝藻衰亡过程中发黄的原因。

异龙湖拟柱孢藻水华

拟柱孢藻是一种入侵蓝藻，能够产生拟柱孢藻毒素，严重危害人类健康。现有研究表明该藻已在我国广泛分布，更是华南地区常见的水华蓝藻，水体呈现浅黄色。拟柱孢藻是一种丝状藻，整条藻丝粗细均匀，但不同地区形态大小各具差异。具有一定的产毒能力和较强的入侵性，时常与隐球藻、假鱼腥藻伴生。